Een uitgebreide expositie over kasteel Keenenburg, een waterburcht uit het begin van de vijftiende eeuw (gesloopt eind achttiende eeuw). Het kasteel is volledig opgegraven in de jaren 1976, 1978 en 1989. Vondsten van deze opgravingen zijn permanent in het Museum te zien.
Naast de vaste collectie in de Keenenburgkamer wordt in het museum ook de relatie van het kasteel met het water in beeld gebracht. In een aparte brochure worden twaalf aspecten van deze bijzondere band besproken. De Keenenburg had meerdere bruggen, een waterput, een overdekt schuitenhuis en een windas, waarmee scheepjes over de Singel werden gehaald. De heer van Keenenburg was naast de stad Delft de belangrijkste financier van de trekvaartroute, die in 1645 tussen Delft en Maassluis in gebruik werd genomen.
In de wachtkamer van het museum zijn nog nooit eerder getoonde vondsten van het kasteel te zien. Vrijwilligers, die het archeologische materiaal hebben uitgezocht en bewerkt, tonen in aparte vitrines het leer van schoenen, aansprekend botmateriaal, metalen voorwerpen, pijpenkoppen, uniek glaswerk en Delfts blauw.
Belangstellenden zijn op woensdag, zaterdag en de eerste zondag van de maand van 14.00-16.00 uur hartelijk welkom. De toegang is kosteloos. Een vrijwillige bijdrage voor het museum wordt op prijs gesteld.